Машины атакуют город Зион, жители из последних сил держат оборону. Нео не может им помочь, так как застревает на станции метро — это переходный пункт между Матрицей и миром машин. А тем временем Агент Смит заполняет собой Матрицу. Когда он поглощает кого-то, то получает доступ к информации, которой владел поглощенный. Однажды он поглощает Пифию и узнает все, что знала она. С этого момента он получает полную власть.